Les voyages sont formellement déconseillés dans plusieurs régions de ce pays : Partie orientale de l'Etat de Sabah sur Bornéo.
A la suite des attentats de Bali du 12 octobre 2002 qui ont visé des touristes occidentaux, il est rappelé aux voyageurs qui souhaitent se rendre en Malaisie, que le risque d'acte terroriste international, même s'il n'a pas de précédent dans ce pays, ne peut être exclu.