L'île dispose d'un très bon réseau de vols intérieurs. Air Madagascar dessert 51 villes et régions dans l'île et propose un 'Air Tourist Pass', qui permet faire des vols illimités pendant une certaine période.

Madagascar possède une tradition maritime très forte et il existe un grand nombre de services de transports côtiers. Les rapides rendent un grand nombre de rivières impropres à la navigation. Les agences de voyages locales peuvent organiser des petits safaris par bateaux sur les Betsiboka et Tsiribihina. Le canal Pangalanes s'étend sur au moins 600 km, le long de la côte est. Sa plus grande partie est actuellement trop encombrée de vase pour permettre un trafic commercial; l'office du tourisme peut organiser des vacances avec pratique de la voile.

Il y a des services de trains de passagers à partir du port de la côte est de Toamasina, via Antananarivo jusqu'à Antsirabé (ligne secondaire à destination du lac Alaotra) et de Manakara, située également sur la côte est, à destination de Finarantsoa. La ligne du nord doit être agrandie. La ligne du sud traverse les spectaculaires forêts tropicales humides. Les voitures de première classe sont climatisées. Des boissons légères sont parfois disponibles. Le service ferroviaire est intermittent en ce sens que la pluie peut arriver en une seule journée et s'arrêter le jour suivant. Les enfants en dessous de quatre ans voyagent gratuitement. Les enfants entre quatre et six ans ne payent que demi-tarif.

Il y a trois routes principales, d'Antananarivo à Mahajungo (RN4), à Toamasina (RN2), et à Fianarantsoa (RN7). Il y a des parties de routes goudronnées par endroits, mais les pistes poussiéreuses sont beaucoup plus répandues. Un grand nombre de routes sont impraticables pendant la saison des pluies (de novembre à mars). La circulation se fait à droite. Autocars: Les prix des billets ne sont pas élevés, quelle que soit la distance parcourue. Les services peuvent s'avérer peu fiables et les autocars on tendance à être bondés. Taxis: Le prix des courses est très bon marché, sauf à Antananarivo et à Fianarantsoa, où le prix de la course est calculé selon que le voyage demeure dans la “ville basse” ou bien s'il mène dans la “ville haute”. Il y a deux types de taxis: Les taxis de ville, qui sont rapides et confortables et les taxis de brousse, qui sont moins chers, plus lents, s'arrêtent plus souvent et qui roulent généralement sur les pistes tout-terrain. Le prix de la course doit être établi à l'avance et le pourboire n'est pas nécessaire. Le pousse-pousse prend en charge des passagers sauf lorsque le trafic ou les pentes l'en empêche. Les prix ne sont pas contrôlés et varient selon la distance. Diligences: Quelques voitures couvertes continuent de prendre des passagers en charge à Antananarivo. Papiers nécessaires: Un permis de conduire national est suffisant.