Les voyages sont déconseillés dans plusieurs régions de ce pays : Aceh, Papouasie Occidentale, le sud des Moluques, Kalimantan, sauf pour raisons professionnelles impératives.
A Jakarta, l'attentat perpétré le 5 août 2003 contre l'Hôtel Marriott, est venu rappeler que les lieux fréquentés par les ressortissants étrangers peuvent constituer des cibles privilégiées pour des groupes terroristes, partiellement démantelés depuis le mois d'octobre 2002, mais qui conservent une capacité de nuisance.
Les autorités indonésiennes n'excluent pas la possibilité de nouveaux attentats. Il est donc vivement recommandé de faire preuve de vigilance lorsqu'ils se trouvent dans des lieux publics, centres commerciaux, hôtels internationaux, ainsi que dans des discothèques, bars ou habituellement fréquentés par des étrangers.